因方舟子质疑360浏览器安全性，2012年10月，方舟子与周鸿祎之间引发了一场“口水战”。因认为周鸿祎侵犯名誉权，方舟子将周鸿祎诉至法院。1月22日，北京市朝阳法院对该案作出一审判决，认定周鸿祎构成侵权，但法院认为继续判决周鸿祎停止侵权、赔礼道歉已无实际意义，因此最终判决周鸿祎赔偿方舟子公证费1000元，同时判令周承担全部诉讼费。

去年10月，方舟子公开宣称“360安全浏览器不安全”，转发相关微博，称360浏览器窃取用户隐私。随后，周鸿祎愤而在微博上回应，并转发“百度公司利用掌控的媒体资源和一些所谓的‘打假斗士’，抹黑360浏览器，试图以此遏制360搜索的发展”。

北京朝阳法院经审理认为，本案系因360浏览器被指存在用户安全隐患，方舟子提醒公众注意引发。360浏览器是否存在安全隐患问题，不是产品信誉问题，它关系到消费者安全与隐私，值得所有消费者探讨，也需要经营者认真回应。因此，虽然该话题由方舟子首先提出，但其提出的依据是网友的意见和有关媒体报道，并非无中生有和对产品的发难，更不是挑起事端，即使所用语言过于苛刻，也不构成对360浏览器产品经营者的侵权。周鸿祎进行回应，本应围绕是否存在质疑中所称问题、相关技术原理、导致公众产生质疑的原因背景等内容，而不是直接对方舟子本人进行攻击。诉讼中，周鸿祎未能就其发言所称事实提供证据，故法院认为周鸿祎言论构成侵权，应当承担相应的法律责任。

诉讼中，周鸿祎主动删除了方舟子主张侵权的全部七条微博，并在法庭上赔礼道歉，主动消除侵权后果并承担责任。法院对此予以肯定。

法院认为，方舟子享有较高社会声誉，有较强的话语权，其在搜狐微博的帐户关注者就高达1900余万，且其在与周鸿祎的论战中，其发言都得到了数量众多的转发和关注，足以证明其发言的影响力和消除消极后果的强大作用。名誉侵权的法律责任承担主旨在于消除损害后果。基于本案纠纷发展、演化过程，周鸿祎已经自行删除相关微博、主动赔礼道歉，侵权行为已不存在，而方舟子的话语平台又足以消除损害后果，判决继续停止侵权、赔礼道歉已无实际意义。故最终法院判决周鸿祎赔偿方舟子公证费1000元并承担全部诉讼费用。

 对此判决，方舟子发微博评价该判决称，“如果你是个个人，可以任意造谣、辱骂一个公众人物，只要在法庭上由代理律师代为道歉，就可以不支付精神赔偿和公开道歉；如果你是媒体，可以任意造谣、辱骂一个公众人物，可以不承担任何责任，因为公众人物可以自己澄清自己。”（李婧）